AİK'in ikinci döneminde başlayan sorunlar, konferansın mimarı Almanya İçişleri Bakanlığı'nın İslami çatı kuruluşlarından İslam Konseyi'nin (Islamrat) konferans üyeliğini dondurduğunu açıklamasıyla başlamıştı. İçişleri Bakanlığı buna gerekçe olarak İslam Konseyi'nin bünyesindeki kurumlardan İslam Toplumu Milli Görüş (IGMG) hakkındaki savcılık soruşturmasını göstermişti. Bakanlığın kararına tepki gösteren İslam Konseyi konferansa katılmayacağını açıklamış, dört İslami çatı organizasyonunun oluşturduğu Almanya Müslümanlar Koordinasyon Konseyi (KRM), konferansa katılıp katılmama konusunda toplantı üzerine toplantı düzenlemişti. Toplantılar sonucunda KRM'yi oluşturan kurumlardan DİTİB ve İslam Kültür Merkezleri Birliği (VIKZ) konferansa katılma, ancak duyulan rahatsızlığı dile getirme eğilimi ağır basmış, ZMD ise katılmama eğilimine rağmen kesin kararı bakanlıkla yapacakları görüşmelerin ardından vereceklerini açıklamıştı.
ZMD Genel Başkanı Ayyub A. Köhler, 17 Mayıs'ta yapılacak olan İslam Konferansı'na katılmayacaklarını düzenlediği basın toplantısıyla kamuoyuna duyurdu. Köhler buna gerekçe olarak, "2 bin 500 caminin yarısı ve onlara mensup cemaat konferansta temsil edilmiyor. İslam Konferansı'nın somut hedefleri yok. En önemli konulardan olan İslam düşmanlığı konusu konferansta gerektiği gibi konu ele alınıp çareler aranmıyor." dedi.