BAÜ'nün öncelikli hedefleri arasında şehirden kopukluğu çözmek olduğunu dile getiren Rektör Alkan, bunun en büyük sebebininse projelerin uygulanmasında eksik kalınması olduğunu vurguladı. Ekibiyle birlikte Balıkesir'e yönelik proje ve çalışmalan yapacaklarını belirten Prof. Alkan, "Bunları yaparken sivil toplum kuruluşlarıyla sürekli işbirliği içinde olacağız. Maalesef şehir ve vatandaşlarımızla kopuk bir üniversitemiz var. Balıkesir üniversitesiz, üniversite ise Balıkesirliler olmadan olmaz. Her konuda halkımızın ve onların temsilcisisi sivil toplum kuruluşlarının desteğine ihtiyacımız var." dedi.
Görevi Kurban Bayramı'ndan sonra eski Rektör Prof. Şerif Saylan'dan devralacak olan Prof. Mahir Alkan, hayalinin Türkiye'nin en iyi yüksek lisans ve doktora öğrencilerini yetiştirmek olduğunun altını çizdi. Üniversitenin kuruluşundan beri 19 yıldır görev yaptığını aktaran Alkan, "Üniversitemizin kurulduğu 1992 yılından beri görev yapıyorum. Yeni dönemde özgürlükçü, demokratik, adil, katılımcı ve şeffaf bir üniversite yönetimi oluşturacağız. Geçmiş dönemde öğretim görevlilerimizle yönetim arasında yaşanan sorunlar, bizim dönemimizde yaşanmayacak." şeklinde konuştu.
Cumhurbaşkanı Gül'ün geçen çarşamba akşamı rektörlüğünü onaylamasıyla seçimde kendisine destek veren akademik kadrodan tebrik telefonları aldığını belirten Prof. Mahir Alkan, şunları söyledi: "2006 yılında da aday olmuştum ancak o zaman seçilemedik. Bugüne kadar rektörlük için çalışmalarıma devam ettim. İlk amacımız, üniversitemizin önemli eksiklerini gidermek. Öncelikle tıp fakültemizin fiziki sorunları var. Yeni hastane inşaatımız başladı. Onu bitirip acil ihtiyaç olan ekipmanları tamamlamaya çalışacağız."
