Heybeliada Ruhban Okulu'nun açılması konusunu insan hakları meselesi olarak gördüklerini beliren Bağış, diyalog ve iyi niyet çerçevesinde konuya çözüm bulunması için çalıştıklarını söyledi. Son dönemde Büyükada Rum Yetimhanesi'nden bağımsız 131 vakıf malının Rum cemaat üzerine kaydedildiğine dikkat çeken Bağış, Yunan hükümetinin de Batı Trakya Türk Azınlığı'n taleplerine cevap teşkil edecek adımlar atabileceğine işaret etti.
İstanbul Rum Azınlığı'nın yüzyıllardan bu yana aynı toprak ve kaderi paylaşan vatandaşları olduğunu vurgulayan Bağış, şunları söyledi: "Heybeliada Ruhban Okulu konusunun Türkiye'nin iç sorunu olduğunu düşünüyorum. Ortodoks Rum vatandaşlarımızın sorunları hepimizi ilgilendirir. Konuyla diyalog ve iyi niyet temelinde ilgilenmemiz gerekir. İnsan hakları ile ilgili bir mesele. Ülkemizin insan haklarını tescil eden ve sağlamlaştıran bir çözüm bulacağına inanıyorum."
Batı Trakya Türk Azınlığın sorunlarına da dikkat çeken Bağış, Yunanistan'ın da benzer adımlar atabileceğini kaydetti. Bağış, konuşmasını söyle sürdürdü: "Diğer yandan Yunan hükümeti de Batı Trakya'da yaşayan Türk asıllı kendi vatandaşların ihtiyaçlarını tatmin etmek için eşzamanlı zorunlu adımlar atabilir. Bunu Uluslararası Hukuk perspektifi bakımından değil ancak siyasi ahlâk düşüncesiyle dile getiriyorum."
AİHM kararlarının ülkeler için bağlayıcı olduklarına dikkat çeken Bağış, bu bağlamda Büyükada Rum Yetimhanesi'ne dair karara uyulduğunu söyledi. Türkiye'nin geçmişin darbe anayasasını değiştirecek güç ve inanca artık sahip olduğunu belirten Bağış, AB yolunda kararlı adımlarla yüründüğünü ifade etti. Başmüzakereci Bağış, "Türkiye'nin en büyük modernleşme çabası, AB'ye giriş sürecidir." dedi.
Ege ve Kıbrıs gibi sorunların açıkça dile getirilmesi gerektiğini söyleyen Bağış, hükümet ve halkların sorunlara çözüm bulunarak geçmişe havale edilmesi konusunda aynı anlayışa sahip olduklarını belirtti. Ege'nin ayıran değil birleştiren bir deniz, Kıbrıs'ın ise barış içerisinde yaşanan bir ada olması gerektiğini ifade eden Bağış, "Sorunların çözümlenmemesinden kimsenin karlı çıkmadığı anlaşıldı." dedi. Bağış, şu ifadeleri kullandı: "Türk-Yunan ilişkilerinde tabu ve 'kutsal' olan her problemi, nedensiz gurur meselesi yapılan her konuyu oturarak yeniden konuşmalıyız."
