Balyoz davasının sanığı emekli Orgeneral Çetin Doğan, cezaevindeyken gönderdiği mektuplardan birinde kendisini sorgulayan Savcı Bilal Bayraktar'ın sorgu öncesinde telefonla arandığını ileri sürmüştü. Doğan, ifade alınma işlemi öncesinde Bayraktar'a telefon geldiğini ve telefon eden kişinin, "Sen gençsin, bunları tanımazsın ha!" dediğini öne sürmüştü. Doğan, bu görüşmenin tutuklanması yönünde telkin anlamına geldiğini ifade etmişti.
Ancak, Doğan'ın bu iddiası farklı bir boyut kazandı. Doğan'ın iddiasının tersine Savcı Bayraktar'a Doğan'ı serbest bırakması yönünde baskı yapılmak istendiği ortaya çıktı. Savcı Bilal Bayraktar'ı arayan kişinin geçtiğimiz günlerde Ergenekon Savcısı Zekeriya Öz'e 'internet andıcı' soruşturmasında baskı yaptığı öne sürülen İstanbul Cumhuriyet Başsavcısı Aykut Cengiz Engin olduğu iddia edildi. Cengiz'in Savcı Bayraktar'dan, 'Doğan'ın savcılık sorgusunun ardından tutuklanmaya sevk etmeden serbest bırakmasını istediği' öğrenildi. Bayraktar'ın ise bu isteğe tepki gösterip, dosyaya göre karar vereceğini ifade ettiği, gerekirse de istifa edeceğini belirttiği kaydedildi.
Savcı Bayraktar, Balyoz soruşturmasında ilk görevlendirilen 4 savcı arasında yer alıyordu. Bayraktar ile birlikte Süleyman Pehlivan, Ali Haydar ve Mehmet Berk soruşturma kapsamında görevlendirilmişti. Ancak aralarında çok sayıda generalin de bulunduğu 70'in üzerinde emekli ve muvazzaf askerin ifadeye çağrılması üzerine Başsavcılık devreye girmiş ve operasyon durdurulmuştu. Daha sonra başsavcılık, Bilal Bayraktar ve Mehmet Berk'in dosyadan alındığını, yerlerine Mehmet Ergül ile Murat Yönder'in görevlendirildiğini duyurmuştu.
İki savcı yerine yapılan yeni görevlendirmeye gerekçe olarak kıdemlerinin düşük olması gösterilmişti. Ancak ortaya çıkan bu gelişme Bayraktar ve Berk'in Başsavcının talebine uymadıkları için dosyadan alındıkları yorumlarına neden oldu.
