Trabzon'dan jandarmaya yapılan ihbar üzerine 12 Haziran 2007'de Ümraniye'de bir gecekonduda ele geçirilen 27 el bombasıyla ilgili başlatılan soruşturma sürecinde, İstanbul Cumhuriyet savcıları Zekeriya Öz, Mehmet Ali Pekgüzel ve Nihat Taşkın tarafından hazırlanan ilk iddianame, İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nce 25 Temmuz 2008'de kabul edildi.
Emekli Tuğgeneral Veli Küçük, İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek, eski İstanbul Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Kemal Alemdaroğlu, Cumhuriyet Gazetesi imtiyaz sahibi ve başyazarı İlhan Selçuk, Türk Ortodoks Patrikhanesi Basın Sözcüsü Sevgi Erenerol, Sedat Peker, Ali Yasak ve Sami Hoştan ile bazı emekli askerler ve İP yöneticilerinin de aralarında bulunduğu 46'sı tutuklu 86 sanık hakkında hazırlanan 2 bin 455 sayfalık iddianamede, Danıştay 2. Dairesi üyesi Mustafa Yücel Özbilgin ''maktul' ',aynı dairenin Başkanı Mustafa Birden, üyeler Ayla Gönenç, Ayfer Özdemir ve Danıştay tetkik hakimi Ahmet Çobanoğlu da ''mağdurlar'' olarak yer aldı.
-İkinci iddianame
İstanbul Cumhuriyet savcıları tarafından dava kapsamında hazırlanan 1909 sayfalık ikinci iddianame, İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nce, 25 Mart 2009'da kabul edildi. Bu iddianameyle emekli orgeneraller Mehmet Şener Eruygur ve Hurşit Tolon, emekli Tuğgeneral Levent Ersöz ve emekli Albay Hasan Atilla Uğur, CHP milletvekili Mustafa Balbay, gazeteci Tuncay Özkan, eski Ankara Ticaret Odası Başkanı, CHP Milletvekili Sinan Aygün, eski İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürü Adil Serdar Saçan, eski Esenyurt Belediye Başkanı Gürbüz Çapan, emekli Albay Arif Doğan, eski Anayasa Mahkemesi Başkanvekili, Anayasa Mahkemesi üyesi Osman Paksüt'ün eşi Ferda Paksüt, yazar Erol Mütercimler ve Emin Şirin'in de aralarında bulunduğu 19'u tutuklu, 36'sı tutuksuz, hakkında yakalama kararı bulunan Turan Çömez ile 56 sanık hakkında dava açıldı.
Davanın görülmesine, 20 Temmuz 2009'da Silivri Ceza İnfaz Kurumları Yerleşkesi'nde yeni oluşturulan büyük duruşma salonunda başlandı.
-Üçüncü iddianame
Bu arada, CHP Milletvekili Mehmet Haberal, eski Özel Harekat Dairesi Başkanvekili İbrahim Şahin, eski MGK Genel Sekreteri emekli orgeneral Tuncer Kılınç, emekli Orgeneral Kemal Yavuz, gazeteci-yazar Yalçın Küçük ile bazı üniversite rektörlerinin de aralarında bulunduğu 52 sanık hakkında hazırlanan üçüncü iddianame, İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından 5 Ağustos 2009'da kabul edildi.
Soruşturma kapsamında hazırlanan 4. iddianame ''İrtica ile Mücadele Eylem Planı'' iddialarına ilişkin oldu. Emekli Albay Dursun Çiçek tarafından hazırlandığı ve avukat Serdar Öztürk'ün Ankara'daki ofisinde bulunduğu iddia edilen ''İrtica ile Mücadele Eylem Planı'' belgesine ilişkin düzenlenen iddianamede, Yeditepe Üniversitesi Kurucusu Bedrettin Dalan firari sanık olarak yer aldı.
-Eski MİT görevlisi ayrı yargılanacak
Dursun Çiçek, Serdar Öztürk, Ufuk Akkaya, Mehmet Deniz Yıldırım, İlhami Ümit Handan ve eski MİT görevlisi Özel Yılmaz'ın da sanıkları arasında bulunduğu davaya bakan mahkeme, MİT görevlilerinin yargılanmasına dair kanun kapsamında yapılan değişikik üzerine, Yılmaz hakkındaki yargılamayı durdurarak, dosyasını Başbakanlığa gönderdi. Başbakanlığın yargılanabilmesi için izin verdiği Yılmaz hakkındaki dosya, ayrı bir esas özerinden devam edecek.
Genelkurmay Başkanlığı Bilgi Destek Dairesi'nce işletilen internet siteleri ve "internet andıcı"na ilişkin YAŞ üyesi Orgeneral Nusret Taşdeler, emekli Orgeneral Hasan Iğsız, tümgeneraller Hıfzı Çubuklu ve Mustafa Bakıcı, emekli korgeneraller Mehmet Eröz ve İsmail Hakkı Pekin'in de aralarında bulunduğu 22 sanık hakkında da iddianame düzenlendi.
İddianamenin kabulüne 29 Temmuz 2011'de karar veren İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, bu davayı, ilk duruşmasını 28 Haziran 2010'da Silivri Ceza İnfaz Kurumları Yerleşkesi'nde yaptığı "İrtica ile Mücadele Eylem Planı Davası" ile birleştirdi.
-Orgeneral Başbuğ 6 Ocak 2012'de tutuklandı
"İrtica ile Mücadele Eylem Planı Davası"nın 30 Aralık 2011'de görülen duruşmasında mahkeme heyeti, sanıkların savunmalarıyla ilgili beyanlarında ve belgelerde adı geçen eski Genelkurmay Başkanı emekli Orgeneral İlker Başbuğ hakkında gereğinin takdir ve ifası için Beşiktaş'taki İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na suç duyurusunda bulundu. Savcılığın soruşturma başlatmasının ardından Orgeneral Başbuğ, 6 Ocak 2012'de tutuklandı.
Başbuğ hakkındaki Türk Ceza Kanunu'nun 312/1. maddesi gereğince, ''cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti hükümetini ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs etmek'' suçundan ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası istemiyle düzenlenen iddianame, 15 Şubat 2012'de İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nce kabul edildi.
Hakim karşısına ilk kez 26 Mart 2013'te çıkfı Başbuğ, hakkındaki iddianamenin okunduğu davanın ertesi gün görülen duruşmasında kısa bir konuşma yaparak savunma yapmayacağını söyledi.
Başbuğ kendisine yöneltilen sorulara da yanıt vermeyeceğini belirterek, devam eden duruşmalara katılmadı. Başbuğ, eski Genelkurmay Başkanı emekli Orgeneral Hilmi Özkök'ün tanık olarak dinlenilmesi sırasında ve esas hakkındaki savunma olmak yapmak üzere bazı duruşmalara geldi.
-Birleşen dosyalar
Birinci "Ergenekon Davası"nın Silivri Ceza İnfaz Kurumları Yerleşkesi'nde oluşturulan küçük salonda 3 Ağustos 2009'da yapılan duruşmasında, dosyanın, Danıştay üyeleri ve Cumhuriyet gazetesine yönelik saldırıya ilişkin, aralarında tutuklu sanıklar Alpaslan Arslan ve Osman Yıldırım'ın da aralarında bulunduğu 8 sanıklı dava dosyasıyla birleştirilmesine karar verildi.
"Vatanseverler Davası", Alparslan Arslan'a Danıştay saldırısında kullanılan Glock marka silahın satılmasına ilişkin dava, Fener Rum Patriği Bartholomeos'a yönelik suikast hazırlığı davası, savcı Zekeriya Öz'ün Ergenekon soruşturmasını yürüttüğü sırada tehdit edilmesi dosyası, Cumhuriyet gazetesine molotofkokteyli atılması dosyaları da birinci "Ergenekon Davası"yla birleştirildi.
Üçüncü "Ergenekon Davası"nın da ayrı olarak görülen ikinci "Ergenekon Davası" ile birleştirildiği yargılama sürecinde, yine Sivas'ta kuyumculuk yapan Minas Durmazgüler'e suikast iddiasına ilişkin açılan dava, avukat Yusuf Erikel'in de aralarında bulunduğu 8 sanık hakkında Ergenekon soruşturması kapsamında açılan dava da ikinci "Ergenekon Davası"yla birleştirilerek görüldü.
Mahkeme, 5 Nisan 2012'de "İrtica ile Mücadele Eylem Planı Davası"nı, 27 Nisan 2012'de de 225. duruşmasını yaptığı birinci "Ergenekon Davası"nı, ikinci "Ergenekon Davası"yla birleştirdi. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, bu birleştirme kararlarıyla kendi mahkemesinde Ergenekon kapsamında gördüğü davaları tek yerde topladı.
"Ergenekon Davası"nın tutuklu sanığı İP Genel Başkanı Doğu Perinçek'in oğlu Mehmet Bora Perinçek ile İP yöneticileri ve Aydınlık gazetesi çalışanlarının da bulunduğu 14 sanık hakkında Ergenekon kapsamında açılan dava ile Şile'de yapılan kazılara ilişkin 4 sanığın yargılandığı dava dosyası da "Ergenekon Davası" ile birleştirildi.
Birleşen 23 ayrı iddianamenin ardından "Ergenekon Davası"nda, tutuklu sanık sayısı 66, toplam sanık sayısı da 275 oldu.
-Gizli tanıklar
İlk iddianame düzenlendiğinde dosyadaki gizli tanıklarıyla gündeme gelen "Ergenekon Davası"nda dinlenilen ilk gizli tanık da "Aydın-1" oldu. 14 Nisan 2011'de dinlenilen bu gizli tanık, gizli tanık odasına alınarak, görüntüsü ve sesi duruşma salonuna değiştirilerek yansıtıldı.
Yine 23 Mayıs 2011'de görülen "İrtica ile Mücadele Eylem Planı Davası" kapsamında da gizli tanık "Efe"nin beyanları alındı.
"Ergenekon Davası"nda "Munzur", "Emek", "Boyabat", "Ahmet", "9", "17", "Aydos", "İlk adım", "Huzur", "Dilovası", "Kıskaç" ve "Deniz"in de aralarında bulunduğu 31 gizli tanık dinlenilirken, bazı gizli tanıkların da isimleri açıkladı.
İsmini açıklayanlar arasında en çok etki uyandıran ise gizli tanık "Deniz" olarak ifade verdiği anlaşılan terör örgütü PKK'nın eski yöneticilerinden Şemdin Sakık oldu.
"Samimiyetimi ortaya koymak için kimliğimi açıkladım" ve "Kendime itirafçı demekten utanıyorum" diyen Sakık'ın, Silivri'de mi yoksa hükümlü olarak kaldığı Diyarbakır Cezaevi'nde mi olup olmadığı konusu da davanın avukatları tarafından tartışıldı.
Birinci "Ergenekon Davası"nda birleştirilen Danıştay'a saldırı ve Cumhuriyet gazetesine el bombası atılması dosyası sanıklarının ifadelerinin alınmasının ardından bu dosyaya ilişkin tanıklar dinlenildi. Mahkeme ilk olarak 23 Ağustos 2010'da Danıştay dosyası kapsamında Orhan Kadı'yı tanık olarak dinledi. Alparslan Arslan'ın annesi, babası, kız kardeşi, avukat arkadaşları ve yakın çevresinin tanık olarak bilgisine başvuruldu. Davaların birleştirilmesinin ardından 10 Mayıs 2012'den itibaren sadece tanıkların beyanları alındı.
Dava kapsamında merhum Başbakan Bülent Ecevit'in hastalık sürecine ilişkin eski koruma müdürü ve eski milletvekili Recai Birgün, tedavisini yapan ortopedi uzmanı Mücahit Pehlivan, eski DSP'li CHP Milletvekili Emrehan Halıcı ve DSP Genel Başkanı Masum Türker, eski polis şefi Ahmet İhtiyaroğlu, gazeteciler Can Dündar, Aslı Aydıntaşbaş, Celal Kazdağlı, Alper Görmüş, Fehmi Koru, eski Genelkurmay Başkanı emekli Orgeneral Hilmi Özkök, emekli Orgeneral Teoman Koman, organize suç örgütü lideri Alaattin Çakıcı ve Kürşat Yılmaz, iş adamları Mehmet Emin Karamehmet ve Ali Avni Balkaner, AK Parti Milletvekili Şirin Ünal, "Balyoz Planı Davası"nda 18 yıl hapisle cezalandırılan emekli Orgeneral Ergin Saygun, eski MİT mensubu Mehmet Eymür, adli tıp uzmanı Sevil Atasoy, eski Emniyet Genel Müdürlüğü İstihbarat Dairesi Başkanı Bülent Orakoğlu, Abdullah Öcalan'ın eski avukatlarından İrfan Dündar ve Doğan Erbaş, Talip Doğan Karlıbel ve Ümit Fırat'ın da aralarında bulunduğu 130'a yakın tanık dinlenildi.
"Ergenekon Davası"nda Karara Doğru
İSTANBUL - Eski Genelkurmay Başkanı emekli Orgeneral İlker Başbuğ, CHP milletvekilleri Mustafa Balbay ve Mehmet Haberal, YAŞ üyesi Orgeneral Nusret Taşdeler, emekli orgeneraller Hasan Iğsız, Hurşit Tolonve Şener Eruygur, emekli Tuğgeneral Veli Küçük, İçşi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek, gazeteci Tuncay Özkan, emekli Albay Dursun Çiçek'in de aralarında bulunduğu, 66'sı tutuklu 275 sanıklı "Ergenekon Davası"nda 5 Ağustos'ta kararın açıklanması bekleniyor.