Projenin hayata geçirilmesi için iki yıldır çalıştıklarını belirten Eceabat Belediye Kemal Dokuz, 18 Mart törenleri için şehitliklere gelen Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'a bunun gerekliliğini anlattıklarını kaydetti. Erdoğan'ın da sıcak bakmasıyla yer bulma çalışmasına girildiğini hatırlatan Başkan Dokuz, Eceabat'ı düşündüklerini ve Erdoğan'a aktardıklarını söyledi. İlçenin ve bölgenin geleceği açısından müzenin Eceabat sınırları içinde olması gerektiğini savunan Dokuz, ''Yer konusunda ihtilaf söz konusu. Eceabat ile Kilitbahir köyü arasındaki Ağdere bölgesi mi olacak, yoksa Kilitbahir yolu güzergâhında, mülkiyeti Eceabat Belediyesi'ne ait Çamburnu'ndaki arazi mi? Eceabatlılar olarak bu projenin Ağdere'de uygulanmasına sıcak bakmıyoruz, çünkü bu bölgenin Çanakkale savaşlarında hastane olarak kullanıldığını ve toplu olarak şehitlerimizin yattığını bilmekteyiz. Müzenin, bizce en uygun yer olan Çamburnu mevkisindeki araziye yapılmasını istiyoruz." dedi.
Söz konusu bölgenin 1. derece tarihî sit alanı olduğunu belirten Tarihi Gelibolu Yarımadası Milli Parkı Müdürü İsrafil Erdoğan ise müzenin Ağdere'de yapılmasına karar verilmesinin, çeşitli problemleri beraberinde getireceğini ifade etti. Bazı basın yayın organlarında, müzenin buraya yapılacağının duyurulduğunu hatırlatan Müdür Erdoğan, ''Burası, Çanakale Savaşı'nda Ağdere Cenup Grubu Ağır Mecruhin Hastanesi olarak ağır yaralıların tedavisinin yapıldığı bir yer. Ayrıca iskele sayesinde hasta nakillerinin de yapıldığı bir alan. Tedaviye cevap vermeyen ya da getirilirken yolda şehit olan Mehmetçiklerin defnedildiği bir şehitlik mevcut. Burası Koruma Kurulu, müze ve Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi öğretim üyelerinin verdiği arkeolojik ve tarihi raporlar doğrultusunda şehitlik alanı olarak tescillendi.'' şeklinde konuştu. Bölgenin durumuna ilişkin bilgi notunu, Koruma Kurulu ve İl Kültür Turizm Müdürlüğü ile müşterek olarak Kültür ve Turizm Bakanlığı'na ilettiklerini ifade eden İsrafil Erdoğan, dikkate alınmadığı takdirde müze projesinin problemi hale geleceğini söyledi.