Cenaze törenine felçli geçirdiği 34 yıl boyunca Aksun'a bakan kız kardeşi Belma Aksun, Dr. Mehmet Niyazi Özdemir, Sultan Vahdettin'in torunu Harun Osmanoğlu, Yazarlar Servet Kabaklı, Dursun Gürlek, Ahmet Turan Alkan, Kültür eski Bakanı İsmail Kahraman, Cumhurbaşkanlığı Başdanışmanı M. Bahaettin Cebeci ve çok sayıda vatandaş katıldı. Cumhurbaşkanı Abdullah Gül de cenazeye bir çelenk gönderdi.
Cenaze töreninde konuşan kız kardeşi Belma Aksun, "Böyle bir zamanda bu kadar kısa zamanda ne söylenir bilemiyorum. Ağabeyim bir su damlası kadar saf ve dürüst bir insandı. Hayatı boyunca sadece inandığı şeyleri yazdı. Hiç bir menfaat beklemeden ve bence tarihi onun kaleminden öğrenebileceğimiz kadar gerçekleri yazdı." dedi.
Dr. Mehmet Niyazi Özdemir ise şöyle konuştu: "İstanbul'un fethedildiği 29 Mayıs'ın yıl dönümünde doğdu, mübarek Kadir Gecesi de ruhunu teslim etti. Ziya Ağabey, gelecek nesle tarihimizi gerektiği gibi öğrenen tek adamdır. Ziya Ağabey, ilk defa Osmanlı ve Türk tarihini tüm gerçekleriyle yazdı. Avrupalı ve bazı tarihçiler bizi geçmişimizden koparmak amacındaydı. Bu ıstırabı duyarak bunlara karşı ilk defa Osmanlı Tarihini yazan yegane bir edraktır. Osmanlı tarihi, Osmanlı Devleti gibi gönül ile yazılmıştır. Milli, İslami ve manevi tarih Ziya Ağabeyle birlikte yazılmaya başlanmıştır."
Harun Osmanoğlu da konuşmasında "Samimi çok çok iyi bir zattı.. Suriye'den buraya ilk geldiğimizdi o bizi o karşıladı ve bizimle çok iyi ilgilendi. Sonra da hastalandı. 1977 yılından beri kendisini tanıyorum, çok ama çok büyük bir zattı. Allah rahmet eylesin." dedi.
Ziya Nur Aksun, Karacaahmet Mezarlığı'ndaki Şakirin Camii'nde ikindi namazına müteakip kılınan cenaze namazı sonrasında toprağa verildi.
