Muhteşem Yüzyıl'da yine nefesler tutuldu. İbrahim Paşa'nın ölümü Saray'da büyük yankı uyandırdı. Pargalı İbrahim'in cesedini Saray'ın bahçesinde gören Hatice Sultan çılgına döndü.

Muhteşem Yüzyıl ' da İbrahim Paşa ' nın ani ölümüyle yer yerinden oynuyor...

Hürrem Sultan en büyük düşmanı İbrahim'den kurtulduğunu anlayınca zaferini kutluyor. Hatice Sultan ise büyük aşkını kaybetmenin üzüntüsüyle yasa boğuluyor. Aldığı kararla acı çeken Sultan Süleyman ise İbrahim Paşa'nın olmadığı yeni bir hayata başlıyor. Hatice İbrahim'in katledilmesinden Hürrem'i mesul tutuyor ve Şah Sultan'la birlikte intikam yeminleri ediyor.

İbrahim'in cesedi gizlice saraydan çıkarılırken, Sümbül olan biteni görür. Gece yarısı uykusundan uyandırılan Hürrem, soluğu Süleyman'ın yanında alır. Ne İbrahim vardır artık ne de eski Süleyman! Artık hiçbir şeyin eskisi gibi olmayacağının farkındadır.

Hatice ise büyük bir aşkla bağlı olduğu İbrahim'in öldürüldüğünden habersizdir. Onun cansız bedeniyle karşılaştığında adeta yıkılır. Bir umut Süleyman'ın yanına gider. Fakat İbrahim'in ölüm emrini onun verdiğini anlaması güç olmaz. Acı gerçekle sarsılan Hatice için hayat kabusa döner.

Bu sırada Matrakçı, Süleyman'dan aldığı emirle, İbrahim Paşa'nın naaşını hiç kimsenin bilmediği bir yere gömer. İbrahim'in sahipsiz kalan küçük kızı Esma Nur'un akıbetiyle de alakalı bir karar vermek zorunda kalır. İstanbul'a gelen Nigar ise bir yandan İbrahim'in yasını tutarken bir yandan kızını arar.

Can dostunun, kardeşinin idamına hükmeden Süleyman ise kederini içine gömüp devletin istikbali için yeni kararlar alır. Saraya dönen Şehzade Mustafa ise büyük bir hayal kırıklığı içindedir. Babasına “neden?” diye sorar. Süleyman'ın verdiği cevap onu derinden sarsar.

Hürrem, İbrahim'in ardından kurulacak yeni düzende söz sahibi olmak için harekete geçer. Ancak her adımını takip eden Şah Sultan varken bu hiç kolay değildir. Acısıyla taş kesilen Hatice'nin aklındaki tek şey intikam almaktır. Mahidevran'ın da desteğiyle Hürrem'e bir cellat bulunur.